Самый безопасный способ очистить файл журнала в Linux — использовать команду truncate.
Команда Truncate используется для уменьшения или увеличения размера ФАЙЛА до указанного размера.

truncate --size 0 logfile

Где —size используется для установки размера файла на SIZE байт.
Файл может быть относительным к текущему каталогу или абсолютным путем к предоставленному файлу.

Для нескольких файлов вы можете использовать:

truncate --size 0 /var/log/*log

Для вложенных папок:

truncate --size 0 /var/log/**/*.log

Или используйте цикл for:

for logfile in $(ls /var/log/*.log)
do 
  truncate --size 0 $logfile
done